Laboratorium pada UNIPA terdiri dari Laboratorium-laboratorium Pertanian, Peternakan, Kehutanan, Teknologi Pertanian, Perikanan, MIPA, Bahasa, Komputer, dan laboratorium pada pusat-pusat penelitian. Setiap laboratorium dilengkapi dengan peralatan sesuai bidang kajiannya.

Pemanfaatan laboratorium pada fakultas adalah untuk menunjang proses pembelajaran sedangkan laboratorium pada pusat-pusat penelitian di manfaatkan untuk penelitian sesuai dengan bidang kajiannya dan sekaligus melayani permintaan analisis laboratorium dari pihak luar UNIPA.
Laboratorium Bahasa pada saat ini dimanfaatkan untuk pengembangan bahasa inggris bagi staf edukatif, administrasi dan masyarakat umum.