Untuk meningkatkan kesejahteraan mahasiswa, UNIPA menyediakan fasilitas asrama dengan kapasitas hunian 580 mahasiswa. Pada tahun 2009 Unipa mendapat fasilitas dari Menteri Pemukiman dan Prasarana Wilayah (KIMPRASWIL) dengan luasan 4.518,9 m2.

Beasiswa yang tersedia untuk mahasiswa terdiri dari PPA, BBM, Supersemar, Bank Indonesia, BP Migas, TPSDP, Bank Papua, BKM, Tanabe Fondation, LPMAK Tembagapura, Otsus, Pemda Manokwari, BRI dan beasiswa yang berasal dari Pemda Kabupaten yang ada di Provinsi Papua Barat maupun Provinsi Papua.