Universitas Papua (selanjutnya disebut UNIPA) didirikan berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia No. 153 tahun 2000, tanggal 3 November 2000. UNIPA merupakan pengembangan dari Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih. UNIPA diresmikan pada hari Sabtu, tanggal 28 Juli 2001 oleh Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi atas nama Menteri Pendidikan Nasional. Perkembangan UNIPA melalui tiga periode, yaitu periode FPPK UNCEN (1964-1982), periode FAPERTA UNCEN (1982-2000), dan periode UNIPA (2000-sekarang).
Kegiatan penelitian dan pengabdian kepada masyarakat yang diimplementasikan di Universitas Papua merupakan bentuk pelaksanaan dari Rencana Induk Penelitian dan Rencana Induk Pengabdian kepada Masyarakat.
Kehidupan di dalam dan di sekitar kampus membawa pengalaman baru yang berbeda bagi setiap mahasiswa. Dengan lokasi kampus yang berada di 4 kabupaten yang berbeda, mahasiswa akan terbawa untuk mengembangkan wawasan yang ke depannya akan bermanfaat bagi Papua.