Periode Faperta UNCEN (1982 – 2000)
Dengan diberlakukannya Peraturan Pemerintah Nomor 5 tahun 1980, maka berdasarkan Surat Keputusan Rektor UNCEN Nomor 071/a/RUC/82, tanggal 18 Juli 1982, seluruh aset PP UNCEN diserahterimakan ke FPPK UNCEN. Selanjutnya berdasarkan Keputusan Presiden Nomor 74 Tahun 1982, tanggal 7 September 1982, Fakultas Pertanian, Peternakan dan Kehutanan berubah nama menjadi Fakultas Pertanian Universitas Cenderawasih (FAPERTA UNCEN).
Pada tahun yang sama (1982), FAPERTA UNCEN mulai menyelenggarakan program pendidikan Sarjana 4 tahun (S1) pada Jurusan Pertanian, Peternakan dan Kehutanan. Berdasarkan Surat www.peerlesspumpparts.com fire pump Keputusan Dirjen Dikti Nomor 101/DIKTI/KEP/1984, tanggal 21 Agustus 1984, FAPERTA UNCEN mengelola dua jurusan yaitu Jurusan Budidaya Pertanian dan Jurusan Kehutanan. Jurusan Budidaya Pertanian mengelola tiga program studi, yaitu Program Studi Agronomi, Sosial Ekonomi Pertanian dan Produksi Ternak, sedangkan Jurusan Kehutanan mengelola satu program studi, yaitu Program Studi Budidaya Hutan.
Penyelenggaraan program pendidikan profesional mulai dirintis, dengan dibukanya Program D 3 Perkebunan pada tahun 1999, Program Studi Diploma 3 Kehutanan pada tahun 2002 dan Diploma 3 Kesehatan Hewan pada tahun 2002.
Persiapan menuju perguruan tinggi mandiri, dilakukan dengan penyusunan beberapa dokumen antara lain Rencana Pengembangan FAPERTA UNCEN 1991-2004, Master Plan FAPERTA UNCEN 1993-2002 dan Master Plan UNIPA 2003-2010, Rencana Strategis FAPERTA UNCEN Tahun 1996-2004 dan dokumen pendirian UNIPA (1999-2000) serta naskah akademik UNIPA tahun 2000.
Beberapa tonggak sejarah penting dalam proses pendirian UNIPA, adalah (1) diterbitkannya Surat Keputusan Dekan FAPERTA UNCEN Nomor SP-36/J20.1.23/OT/1999, tentang Usulan Pengembangan FAPERTA UNCEN menjadi Universitas pada tanggal 11 November 1999, yang kemudiaan dilengkapi dengan Surat Keputusan Dekan Nomor SP-001/J20.1.23/ OT/2000, tanggal 20 Januari 2000; (2) Lokakarya Usulan Pendirian Universitas Papua, tanggal 18 sampai20 Januari 2000; (3) Presentasi Usulan Pendirian UNIPA di depan Sidang Istimewa DPRD Kabupaten Manokwari, tanggal 11 Maret 2000; (4) Presentasi Usulan Pendirian UNIPA di depan Senat Univesitas Cenderawasih, dilanjutkan Rapat Senat UNCEN dalam rangka pembahasan usulan pendirian FAPERTA UNCEN menjadi universitas, tanggal 28 April 2000; (5) Penerbitan Surat Keputusan Senat UNCEN Nomor 1985/J20/KP/2000, tanggal 29 April 2000, tentang persetujuan pemekaran FAPERTA UNCEN menjadi universitas; (6) Surat Rektor UNCEN ke Wakil Presiden RI, Nomor 442/ J20.1.23/OT/2000, tanggal 14 Juni 2000, tentang usul pendirian Universitas Papua; (7) Rekomendasi dan Dukungan Gubernur Irian Jaya Nomor 42.4/2305/SET/2000 , tanggal 15 Juli 2000, tentang pendirian Universitas Papua; (8) Penerbitan Keputusan Presiden Republik Indonesia, Nomor 153 Tahun 2000, tanggal 3 November 2000, tentang Pendirian Universitas Negeri Papua; dan (10) Penyerahan Keputusan Presiden Nomor 153 Tahun 2000 tentang pendirian Universitas Negeri Papua dari Dirjen Dikti kepada Dekan FAPERTA UNCEN di Kupang, tanggal 8 November 2000, (9) Persentase tentang pendirian Universitas Negeri Papua di depan Panel Dewan Adat Papua (PDP) tanggal 29 Desember 2000.